A frase apresentada envolve diversos problemas, que passaremos a tratar de forma faseada.

Em primeiro lugar, coloca-se a questão de classificar o tipo de oração copulativa. As características apresentadas levam-nos a classificá-la como uma oração copulativa identificadora, ou seja, uma oração cujo «constituinte predicativo […] não classifica propriamente o indivíduo referido pelo sujeito como pertencendo a uma classe geral, mas identifica-o como sendo o portador de tal ou tal propriedade» (Raposo et al., Gramática do Português. Fundação Calouste Gulbenkian, p. 1319). Parte-se, deste modo, do princípio que a frase apresentada tem como objetivo identificar as características de uma determinada realidade. 

Em segundo lugar, as orações copulativas identificadoras podem surgir na ordem canónica (SUJEITO + SER + PREDICATIVO do SUJEITO) ou na ordem inversa (PREDICATIVO do SUJEITO + SER + SUJEITO). Nestas orações, tipicamente, o verbo ser concorda em pessoa e número com o sujeito, ainda que ele se encontre em posição pós-verbal, como acontece em (1):

(1) «Os donos da empresa somos nós.»

Ora, considerando que a frase apresentada é uma copulativa identificadora, coloca-se a questão da identificação do sujeito. Para identificar o sujeito deste tipo de frases, podemos recorrer a dois testes: a clivagem e o redobro do sujeito¹. Passamos a aplicá-los usando uma simplificação da frase apresentada, com o objetivo de facilitar a análise:

(1) «A lição de moral é uma das características dos bestiários.»

(i) teste da clivagem: coloca o foco num elemento da frase; nas frases na ordem inversa não é possível colocar o foco no constituinte à esquerda do verbo:

(1a) «É a lição de moral que é uma das características dos bestiários?

(1b) «*É uma das características dos bestiários que é a lição de moral?»

Como se verifica, a frase (1b) não admite clivagem, o que aponta para o facto de a frase apresentada em (1) se encontrar na ordem canónica.

(ii) teste do redobro do sujeito: neste teste, o pronome retoma o sujeito da frase canónica:

(1c) «A lição de moral … ela é umas das características dos bestiários.»

(1d) «Uma das características dos bestiários … ela é a lição de moral.»

O segundo teste não é conclusivo, o que aponta para uma indefinição na identificação do sujeito.

Perante esta indefinição na identificação do sujeito, a solução passará por identificar qual o sintagma nominal que estabelece a referência com a realidade extralinguística e qual o sintagma que predica sobre essa realidade. A minha interpretação da frase apresentada, que ficará sempre dependente do contexto alargado da frase, tende a considerar o sintagma nominal «As lições morais que encerram os relatos sobre animais» como aquele que estabelece a referência. Assim sendo, o sintagma «uma das principais características que distinguem os bestiários dos tratados de história natural anteriores» constituirá uma predicação sobre o sintagma nominal anterior.

A ser esta a interpretação justa, o verbo ser deverá concordar com o sujeito, que, neste caso, se encontra no plural:

(2) «As lições morais que encerram os relatos sobre animais são uma das principais características que distinguem os bestiários dos tratados de história natural anteriores.»

No entanto, se se considerar que o objetivo da frase é apresentar as características que distinguem bestiários de tratados de história natural anteriores, este sintagma nominal passará a ser sujeito. Neste caso, o verbo ser poderá surgir no singular concordando com a estrutura «uma das»:

(3) «Uma das principais características que distinguem os bestiários dos tratados de história natural anteriores é as lições morais que encerram os relatos sobre animais.»

Disponha sempre!

1. Estes testes são explicados de forma mais desenvolvida nesta resposta.