Ainda se pode dizer que são duas modalidades distintas por causa da evolução das regras do futsal, desde que passou à supervisão da FIFA, mas numa explicação simples diria que o futsal é o futebol de salão moderno, enquanto o futebol de salão original está em fase de extinção.
As diferenças entre futebol de salão e futsal limitam-se a algumas regras que influenciam a dinâmica do jogo, como o lançamento lateral e cantos à mão ou as restrições da área de baliza (não se pode marcar golos lá dentro, e o guarda-redes não pode jogar fora dela), que não se aplicam ao futsal. Também o recinto de futebol de salão pode manter tabelas, que são elementos neutros do jogo, podendo ser usadas pelos jogadores, reduzindo o número de paragens do jogo.
A bola do futsal é menos pesada, e os cantos e as reposições laterais fazem-se ao pé, permitindo mais liberdade de acção ao guarda-redes (que até pode ser substituído por um jogador de campo). Também não tem restrições ao jogo pelo ar.
Enquanto o futsal pode ser jogado só por 5 jogadores por equipa e sob as regras da FIFA, o futebol de salão é mais versátil e adapta-se ao tamanho dos recintos. Nos Estados Unidos e no Canadá, joga-se com 6 por equipa, enquanto na Europa central (Alemanha, Suíça e França) chegam a equipas de 7.
No entanto, a grande diferença é de ordem administrativa e histórica.
A palavra futsal1 foi inventada pela Federação Internacional de Futebol de Salão (FIFUSA), quando a FIFA proibiu a utilização da palavra futebol por outras entidades (anos 80), mas a partir de 1989 a FIFA começou por organizar um mundial de futebol de 5 que deu origem à plena adopção do futsal, "roubando" a modalidade à FIFUSA e fazendo evoluir as regras.
Por isso, hoje o futsal tem uma dimensão mundial*, enquanto o futebol de salão se restringe a algumas zonas dos continentes americanos.
1 Futsal é uma amálgama da expressão (em espanhol) fútbol de sala (= futebol de salão, em português). Futsalista é aquele pratica futsal.
Cf. Comparação entre futebol de salão e futsal + A diferença entre futebol (de onze) e futsal + Futebol de Areia (ou de praia)
* N.E. (3/10/2021) — Portugal campeão mundial de futsal pela primeira vez na história