A primeira vírgula obedece à regra de a copulativa e ser antecedida de vírgula quando o sujeito é diferente.
A segunda, à regra, aplicável neste caso, de que na omissão de um elemento fundamental numa expressão, uma vírgula deva ser inserida. A utilidade da vírgula não será, então, uma pausa, uma separação, um sublinhado, nas suas múltiplas funções, mas aqui uma chamada de atenção para o facto de que a expressão está incompleta e de que só é esclarecida no contexto.
Devemos seguir as regras, para que o entendimento seja geral. As gramáticas e os prontuários apresentam múltiplos exemplos nos quais a presença ou a ausência de uma vírgula implicam sentidos diferentes à expressão. É preciso ter cuidado na pontuação.
Contudo...
Serão sempre indispensáveis as vírgulas?
Parecer pessoal
Se suprimirmos a primeira vírgula, não é por isso que os sujeitos se deixam de distinguir, pois o verbo está no singular: «O João foi.»
Se suprimirmos a segunda, com as duas expressões seguidas, o intelecto deduz que o verbo omisso é o mesmo: «o Manuel (igualmente) foi», num raciocínio de nível superior, com risco, do tipo: se a ação fosse diferente, seria indicada (estamos já nesta fase nos robôs?).
Rodrigues Lapa, na sua Estilística da Língua Portuguesa, defendia que a estilística era também a arte de subverter as regras para dar mais intensidade à escrita.
Na minha opinião, e considerando as pausas que ficariam implícitas, a expressão sem vírgulas não muda de sentido e tem a vantagem de permitir um melhor fluxo concepcional na leitura:
«O João foi ao cinema e o Manuel ao teatro.»
Sublinho que este meu raciocínio só se aplica especificamente nesta expressão e com este sentido. Na estilística, cada caso é um caso e não se admitem erros grosseiros.