O consulente começa por laborar num erro de monta: não é nem nunca se escreveu "áfeta", mas, sim, afta.
Afta – na definição do Dicionário Houaiss: «pequena ulceração superficial dolorosa, observada ger. na mucosa bucal e mais raramente na mucosa genital, de causa desconhecida, com recidivas atribuídas a vírus ou fungos, desequilíbrio hormonal, problemas alimentares ou estresse, podendo apresentar-se isolada ou associada a doenças sistêmicas» – tem origem no latim āphtae, ārum, «aftas, úlceras da boca». Derivou do grego áphtha, que alternava com áphthē, ēs, «"afta, úlcera bucal", e este este do verbo háptō "queimar, acender" [...]» (ibidem).
Já agora: mesmo que fosse "áfeta", nunca seria verdadeiramente homógrafa de afeta ("afecta", antes do Acordo Ortográfico).
Quanto aos restantes exemplos, esses, de facto, alterados com a nova reforma, como já por diversas vezes foi esclarecido – por exemplo, aqui –, eles correspondem à queda dos poucos acentos desambiguadores nas palavras homógrafas que ainda se mantinham desde a reforma de 19451.
Ou seja, eles vêm só no seguimento do que já acontecera, entre muitos outros, aos homógrafos acordo (1.ª pessoa do presente do indicativo do verbo acordar) e acordo (como em «Acordo Ortográfico»); bola (de carne) e bola (de futebol); choro (1.ª pessoa do presente do indicativo do verbo chorar) e choro (substantivo); colher (verbo) e colher (substantivo); coro (1.ª pessoa do presente do indicativo do verbo corar) e coro (musical); corte (de cabelo) e corte (de apaniguados); ele (pronome pessoal) e ele (é) (nome dado à letra L); governo (substantivo) e governo (é) (verbo); esse (pronome demonstrativo) e esse (é) (nome da letra S); este (pronome) e este (é) (Leste); jogo (1.ª pessoa do presente do indicativo do verbo jogar) e jogo (de futebol, de andebol, etc.); molho (de culinária) e molho (de brócolos); olho (1.ª pessoa do presente do indicativo do verbo olhar) e olho (um dos nossos dois olhos ou, no caso dos ciclopes, ser usado apenas no singular); piloto (substantivo) e piloto (ó) (do verbo "pilotar"); sede (de beber) e sede (partidária); segredo (sigilo) e segredo (1.ª pessoa do presente do verbo segredar); e tola (pessoa tonta ou disparatada) e tola (cabeça ou juízo, em linguagem popular).
Seguramente que, há 70 anos, quem aprendera nos bancos de escola que qualquer dessas palavras levava acento agudo ou circunflexo, conforme o contexto, terá manifestado a mesma estranheza que o consulente, agora, com a homografia da forma verbal para e da preposição para2. Uma questão também, pois, de contexto e... de habituação.
1 A ortografia da língua portuguesa é determinada por normas legais, seja em Portugal, no Brasil ou em qualquer outro país que a tenha como idioma oficial. Foi o que se passou com o Acordo Ortográfico de 1945, que – tal como, antes, com a reforma de 1911 – passou a ter força de lei no país, conforme a promulgação do respetivo decreto governamental do então Presidente da República e segundo o qual se estipulou que «todas as normas do [então novo] sistema ortográfico unificado» começassem a vigorar «em todas as publicações editadas em território português». Ou, posteriormente, com a chamada minirreforma ortográfica de 1973, também em Portugal. Nada. Afinal, de diferente dos mesmíssimos trâmites processuais e legais ocorridos para entrada em vigor da presente reforma. Como, é bom de ver, sucede com qualquer outra reforma ou alteração ao que esteja anteriormente estabelecido, seja em que área for.
2 Conforme o ponto 9 da Base IX («Da acentuação gráfica das paroxítonas») do Acordo Ortográfico de 1990: «Prescinde-se, quer do acento agudo, quer do circunflexo, para distinguir palavras paroxítonas que, tendo respetivamente vogal tónica/tônica aberta ou fechada, são homógrafas de palavras proclíticas. Assim, deixam de se distinguir pelo acento gráfico: para (á), flexão de parar, e para, preposição; pela(s) (é), substantivo e flexão de pelar, e pela(s), combinação de per e la(s); pelo (é), flexão de pelar, pelo(s) (é), substantivo ou combinação de per e lo(s); polo(s) (ó), substantivo, e polo(s), combinação antiga e popular de por e lo(s); etc.»