A frase apresentada está correta, sendo a preposição de opcional.
Tal como os verbos, também os nomes (ou os adjetivos) podem ter como complemento um sintagma nominal ou uma oração completiva. Sempre que o complemento é um sintagma nominal, a preposição é obrigatória, como acontece em (1):
(1) «Ele apresentou uma proposta de lei.»
Quando o complemento é oracional, a preposição não é obrigatória, podendo ser omitida:
(2) «Eu tenho a garantia (de) que ele vai tratar da questão.»
O mesmo acontece na frase apresentada pelo consulente:
(3) «O Governo veio apresentar ao Presidente da República a proposta (de) que seja declarado o Estado de Emergência com uma natureza ...»
O teste apresentado pelo consulente não funciona porque o nome proposta não rege nenhuma preposição. Nestes casos, quando o nome não seleciona nenhum preposição, o seu complemento é introduzido, por defeito, pela preposição de1. É o que acontece, por exemplo, com o nome sensação na frase seguinte:
(4) «Ele teve a sensação de que ia começar a chover.»
Acresce, ainda, que em termos de correção a supressão da preposição, sobretudo em orações que restringem o significado do nome, tende a ser vista como um desvio à norma, pelo que, num registo cuidado, deve evitar-se a sua omissão2.
Disponha sempre!
1. Para maior aprofundamento da questão, cf. Pilar Barbosa in Raposo et al., Gramática do Português. Fundação Calouste Gulbenkian, pp. 1873 – 1879.
2. Idem, ibidem, pp. 1895 – 1896.