Ambas as opções são aceitáveis. A diferença entre as expressões está relacionada com a utilização do artigo definido com siglas (questão já abordada aqui).
A sigla VIH, utilizada para referir o vírus da imunodeficiência humana, pode utilizar-se com ou sem artigo definido, sendo a expressão sem artigo definido marcada por um valor mais genérico, como se observa pelo contraste entre (1) e (2):
(1) «Publicou um estudo sobre a infeção do VIH.»
(2) «Publicou um estudo sobre a infeção de VIH.»
Nos casos apresentados, na expressão «infeção pelo VIH», está presente o artigo definido contraído com a preposição por a determinar VIH, enquanto em «infeção por VIH», o artigo definido não é utilizado. Cabe ao falante a opção por uma ou por outra em função da sua intenção de expressar um valor mais genérico ou mais específico.
N.E. – O consulente segue a norma anterior ao Acordo Ortográfico de 1990, tendo por isso escrito correcto e infecção. Cf. Consoantes mudas afetadas com o novo AO. Note-se ainda que a sigla VIH («vírus de imunodeficiência humana») corresponde ao inglês HIV («human immunodeficiency virus»), forma esta mais conhecida no Brasil, onde a abreviação portuguesa não é usada.