O nome da letra i é i, cujo plural se grafa is ou ii (de uma maneira ou de outra, a pronúncia é sempre "is"); portanto, deve escrever-se «pôr os pontos nos is» ou «pôr os pontos nos ii» (nunca "iis" – cf. artigo no blogue Linguagista).

Sobre a grafia do plural dos nomes das letras, cumpre fazer dois comentários :

1– A expressão idiomática em questão poderá ter como formas «pôr os pontos nos is» e «ter os pontos nos ii» (no sentido de «esclarecer bem as coisas». Porém, parece que na escrita se generalizou a forma com ii – «pontos nos ii» –, como confirma a consulta de diferentes dicionários, em que o respetivo registo é sempre feito com a forma de plural ii, conforme se apresenta adiante:

– Nos dicionários gerais, como subentrada de ponto: Dicionário da Língua Portuguesa, da Porto Editora (na Infopédia, consultada em 19/09/2015): «pôr os pontos nos ii 1. falar ou expor sem subterfúgios; 2. pôr tudo em pratos limpos»; Dicionário Priberam da Língua Portuguesa (consultado em 19/09/2015): «pôr os pontos nos ii • Dizer as coisas claramente, sem reticências. = CLARIFICAR, ESCLARECER».

– Nos dicionários de expressões idiomáticas, com entrada própria: Énio Ramalho, Dicionário Estrutural, Estilístico e Sintático da Língua Portuguesa (Porto, Livraria Chardron e Lello e Irmão – Editores, 1985): «Pontos nos ii, pôr os: Ora vamos lá por os p. nos ii (dizer as coisas tais como elas são, com toda a clareza, sem omitir nada)»; Guilherme Augusto Simões, Dicionário de Expressões Populares Portuguesas (Lisboa, Edições D. Quixote, 1994): «Por os pontos nos ii: Esclarecer bem o assunto; pôr a questão clara sem omitir (A Biv)» [o autor cita Artur Bivar, Dicionário Geral e Analógico da Língua Portuguesa].

2 – Quanto à escrita dos nomes das letras, pode-se dizer que, normativamente, foram estabilizados por Rebelo Gonçalves (não sem alguma contestação – ler mais abaixo), no contexto da aplicação do chamado Acordo Ortográfico de 1945¹. Em relação à grafia do plural das letras, o filólogo admitia dois tipos de formação:

a) pela repetição da letra («os ii», «os aa», «os ss»);

b) pela flexão do nome das letras («os is», «os ás», «os esses»).

É o que se conclui dos comentários associados ao nomes das letras que Rebelo Gonçalves registou no seu Vocabulário da Língua Portuguesa, publicado em 1966 (Coimbra Editora); por exemplo, leia-se o que se diz a respeito do nome da letra i:

«i, s[ubstantivo] m[asculino]: n[ome] de letra. [...] Pl[ural]: "is" [...]. – Do mesmo modo que se escreve "dois ii", "três ii", "vários ii", etc. (servindo de plural a repetição da letra), pode escrever-se "dois is", "três is", "vários is", etc.»

O que se estipula acerca de i repete-se praticamente da mesma maneira noutros casos, por exemplo, á (nome da letra a) ².

No quadro da atual norma ortográfica, presume-se que, na falta de critérios em contrário, se mantêm os preceitos enunciados por Rebelo Gonçalves.

Notas:

¹ É possível identificar, pelo menos, dois momentos na fixação das formas dos nomes em apreço:

– em 1940, no Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa, acolhem-se os seguintes substantivos masculinos, que se infere serem as denominações das letras, embora nem sempre haja indicação de que o são efetivamente:

á, bê, cê, dê, é, efe, gê (ou guê), agá, i, jota, ele (lê), eme (mê), ene (nê), ó, pê, quê, erre (rê), esse, tê, u, vê, xis, zê,

letras usadas em casos especiais: k = cá ou capa; w = [sem registo]; y = ípsilon (ou ípsilo ou ipsilão] [as formas entre parênteses são "designações menos correntes", como mais tarde as classificaria R. Gonçalves no seu Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa, adiante mencionado].

Observe-se que, sobre as formas á, é e ó, o capítulo III da Introdução, assinada por Rebelo Gonçalves, inclui á como o nome da letra a, com este comentário:

«Não costumam os dicionários e os vocabulários dar o nome da letra a representação adequada. Em geral, o que fazem é indicar o nome da letra com ela própria. Contudo, a representação normal só pode ser uma: á. Do mesmo modo que o nome de e se escreverá é e o nome de o se escreverá ó. E ter-se-á isso em conta na grafia de vários compostos: á-bê-cê, á-é-i-ó-u, á-xis (ant.) e bê-á-bá.»

A definição desta norma foi contestada por Vasco Botelho de Amaral (Grande Dicionário das Dificuldades e Subtilezas do Idioma Português, 1958, s. v. Letras e léxicos), que, seguindo Gonçalves Viana, considerava que as letras vocálicas a, e e o deveriam ter nomes grafados sem acento, exatamente iguais às formas das letras nomeadas ("a", "e", "o").

– em 1947, no seu Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa (Coimbra, Atlântida-Livraria Editora Lda., 1947, pág. 1), Rebelo Gonçalves apresenta, a par das letras que constituíam à época o alfabeto português, os nomes correspondentes, também, sem referir, os seus plurais:

á, bê, cê, dê, efe, gê, agá, i, jota, ele (lê), eme (mê), ene (nê), ó, pê, quê, erre (rê), esse, tê, u, vê, xis, zê.

Refira-se que, nesta obra, R. Gonçalves não apresenta a forma guê como nome da letra g na lista das letras que constituem o alfabeto português (idem, ibidem), mas em observação (ibidem), falando sobre «combinações gráficas especiais» (rr, ss, ch, lh, gu e qu), transcreve gu como "guê-u", e não "gê-u", como a lista alfabética faria supor.

No âmbito do atual acordo ortográfico, os nomes das letras são, a saber:

² «á, s[ubstantivo] m[asculino]: n[ome] da letra "a" (A). [...] Pl[ural]: "ás" [...]. - Do mesmo modo que se escreve um "a", "dois aa", "três aa", etc. (servindo de plural a repetição da letra), pode escrever-se "um á", "dois ás", "três ás", etc.» (R. Gonçalves, Vocabulário da Língua Portuguesa).