Do ponto de vista morfológico e etimológico, o termo indígena nada tem que ver com a palavra índio.
A palavra indígena vem do latim indigĕna, indigĕnae, que significa «natural do lugar em que vive, gerado dentro da terra que lhe é própria» e que se compõe, também em latim, de indu, forma arcaica da preposição in, «em», e de -gena, por sua vez um derivado do verbo latino gigno, is, genŭi, genǐtum, gignĕre, «gerar»1. Ou seja, este é um aspeto muito importante para não tirar conclusões precipitadas, o elemento indi- de indígena relaciona-se com a preposição portuguesa em, que vem da preposição latina in, e não de índio.
Quanto às formas propostas na consultas, a primeira, "brasilgena" e "brasigena" são palavras muito discutíveis, para não dizer incorretas. Na verdade, tendo em conta que o elemento -gena de indígena é átono mas tem um acento tónico associado que recai na última sílaba do primeiro elemento de indígena, teria de se considerar formas como "brasílgena" e "brasígena", que não têm registo. Dado que se atesta o vocábulo brasilíada2, mais plausível se torna, por exemplo, a formação de "brasilígena", de que não se encontrou registo.
Em suma, estando disponível indígena e sabendo que os chamados povos ameríndios não se limitavam ao território hoje brasileiro, não se vislumbra razão para rejeitar o termo em apreço.
1 É a etimologia apresentada no Dicionário Houaiss. Observe-se, porém, que no Diccionario Crítico Etimológico Castellano e Hispánico, de Joan Coromines e José Antonio Pascual, afirma-se que na composição do latim indigĕna é inde, «dali», e não indu-. Esta é uma questão que não foi possível esclarecer cabalmente aqui.
2 Cf. Dicionário Houaiss.