A vírgula colocada antes de uma oração adjetiva relativa tem a função de indicar que a oração assume um valor explicativo. Ou seja, trata-se de uma oração que não tem um valor de restringir a área de referência do nome sobre o qual incide. Esta ação semântica explica a diferença verificada entre as frases (1) e (2):

(1) «O livro que o João escolheu é muito difícil.»

(2) «O livro, que tu escolheste, acabou de ser publicado.»

Em (1), a oração relativa, ao incidir sobre o nome livro restringe a sua significação: o locutor não fala de qualquer livro, mas apenas daquele que foi escolhido sobre o João sendo sobre ele que incide a predicação «é muito difícil». Já em (2), a informação de base é «O livro acabou de ser publicado», contendo a oração relativa uma oração acessória, que pode ser eliminada da frase sem prejudicar a sua ideia essencial.

Na frase apresentada¹, Machado de Assis, ao colocar a vírgula antes da oração relativa, veicula esta informação. A oração relativa não restringe o nome agulha, ou seja, não se vai falar da «agulha que disse ao novelo» que se distingue de outra «agulha que disse à tesoura», por exemplo. A vírgula indica que se vai apresentar uma informação acessória sobre a agulha, que não a identifica nem distingue de outras possíveis agulhas.

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1. Disponível aqui.