A oração «que cerca de duzentos elementos inimigos e respectivas famílias haviam atravessado a fronteira com o Zaire» está correta. 

O verbo haver pode empregar-se em todas as pessoas «quando é auxiliar (com sentido equivalente a ter) do verbo pessoal, quer junto a particípio, quer junto a infinitivo antecedido da preposição de» (Cunha, Celso, Cintra, Lindley, 2005. Nova gramática do português contemporâneo. pág. 532). Neste caso, estamos perante um pretérito mais-que-perfeito composto do indicativo, em que o verbo auxiliar temporal haver equivale ao verbo ter. Veja-se a conjugação:

Eu havia atravessado

Tu havias atravessado

Ele, ela/ você havia atravessado

Nós havíamos atravessado

Vós havíeis atravessado

Eles, elas/ vocês haviam atravessado