Os verbos em português podem ser simples ou compostos. No caso do pretérito mais-que-perfeito do modo indicativo, a forma simples é, para o verbo ler, terceira pessoa do singular, lera. A forma composta é constituída pelo auxiliar ter, ou haver, no imperfeito, e pelo particípio passado do verbo principal. O que na frase em apreço corresponde a tinha, ou havia lido.

Esta é a regra geral, que deverá ser aplicada num texto formal, pelo que a frase correcta é a segunda: «O professor perguntou ao aluno se ele já havia lido a Eneida.»

A primeira frase poderá surgir num contexto de criatividade literária, dado que, em contextos específicos, o mais-que-perfeito simples poderá surgir em situações em que se esperaria o imperfeito do conjuntivo, ou o futuro do pretérito composto (em Portugal dir-se-ia preferencialmente condicional composto), como naquele verso de Camões «E se mais mundos houvera, lá chegara», que equivale a «se mais mundos houvesse, lá teria chegado».