Quando se diz «trocar», está a referir-se ao uso do mesmo tempo verbal, o pretérito mais-que-perfeito do indicativo, que tem duas variantes: o simples (chegara) e o composto (tinha chegado). Assim, ambos são substituíveis um pelo outro, pois têm o mesmo sentido.
No entanto, há subtilezas no seu uso: o simples é usado sobretudo na escrita literária, enquanto o composto é mais usado na oralidade. A formação do pretérito mais-que-perfeito composto do indicativo é formado pelo pretérito imperfeito do indicativo do verbo auxiliar ter mais o particípio passado do verbo principal.
Segundo Evanildo Bechara, na sua Moderna Gramática Portuguesa, o pretérito mais-que-perfeito "denota uma ação anterior a outra já passada". Exemplo: "No dia seguinte, antes de me recitar nada, explicou-me o capitão que só por motivos graves abraçara a profissão marítima..." (Machado de Assis).
Este tempo verbal usa-se, pois, para dar conta de um momento passado anterior a um outro também já passado.
Veja-se a sua frase:«Pálida, jogada fora de uma Igreja, olhou a terra imóvel de onde partira e aonde de novo fora entregue»: olhou (pretérito perfeito) traduz já o sentido do momento passado e partira (pretérito mais-que-perfeito) traduz um momento anterior a esse olhar. Foi há mais tempo que isso aconteceu.