Antes de mais, importa clarificar que os casos apresentados se enquadram no contexto de frases complexas constituídas por uma oração subordinante que inclui um verbo de crença (acreditar, achar) e por uma oração subordinada completiva.
Nestes casos, os verbos de crença e também os declarativos selecionam normalmente o modo indicativo no verbo da oração subordinada e não determinam limitações quanto ao tempo verbal, como se verifica nas frases seguintes:
(1) «Acho que o livro está na biblioteca.»
(2) «Acredito que o livro está na biblioteca.»
(3) «Acho que o livro não está na biblioteca.»
(4) «Achava que o livro estava na biblioteca.»
(5) «Acho que o livro esteve na biblioteca.»
(6) «Acho que o livro tinha estado na biblioteca.»
Como se observa em (3) a presença da negação na oração subordinada não afeta o modo verbal do verbo da oração.
Quando a oração subordinante inclui uma negação, o conjuntivo pode aparecer na oração subordinada:
(7) «Não acho que o livro esteja na biblioteca.»
(8) «Não acredito que o livro esteja na biblioteca.»
Com o verbo acreditar, é possível usar o modo conjuntivo na oração subordinada mesmo quando a oração subordinante é afirmativa1:
(9) «Acredito que o livro esteja na biblioteca.»
Disponha sempre!
1. Para mais informações sobre este assunto, cf. Oliveira in Raposo et al., Gramática do Português. Fundação Calouste Gulbenkian, pp. 513-549.