A palavra tem a atual configuração por razões históricas.

De acordo com uma nota etimológica do Dicionário Houaiss:

«natura + -eza; contra os substantivos portugueses em -eza (radical adjetival + -eza, tipo beleza, certeza, firmeza, pobreza, riqueza, tristeza etc.), natureza tem formação não canônica, tal como o português naturança "o mesmo que natura ou naturalidade em Mosteiro", segundo Morais Silva, já que não se pode presumir provirem do português naturaleza, nem do verbo naturar, respectivamente.»

No entanto, dado que se atesta documentalmente desde o século XIV quer em textos portugueses quer em textos galegos, poderia supor-se que natureza fosse o resultado de naturaleza (<natural +-eza) por alteração fonética – concretamente, pela queda (síncope) do -l- intervocálico,fenómeno característico da língua até ao século XII: naturaleza > *naturaeza > *natureeza > natureza. A verdade é que não parece haver indícios de que tenha sido assim, razão por que a etimologia indicada pelo Dicionário Houaiss, que é, de resto, a de outras fontes, constitui a proposta mais aceite.