Pode supor-se que o verbo subir terá sido condicionado por um processo de transmissão erudito ou semierudito, que teria retardado esse processo, mas não é certo.
É verdade que o b intervocálico latino passa muitas vezes a v em português1: amabat > amava; faba > fava; caballu > cavalo; habere > haver; gubernare > governar. Sendo assim, seria efetivamente de esperar que subir fosse *suvir, dado que vem do latim subire, «vir debaixo de algo, ir-se aproximando de um lugar alto vindo de baixo» (Dicionário Houaiss).
No entanto, acerca do castelhano subir, cognato do verbo português (e praticamente seu homófono), considera o Dicionário Crítico Etimológico Castellano e Hispánico, de Joan Coromines e José Pascual, que o contexto vocálico do verbo em latim era de molde a retardar o referido fenómeno fonético: as vogais o e u, precedendo b, contribuíram para a conservação desta consoante bilabial em palavras castelhanas como cobarde (= cobarde ou covarde), cobija (= cobertura, cobertor) ou sobaco (= sovaco). Observe-se, porém, que a hipótese formulada em relação ao castelhano cai pela base quando aplicada ao português, língua em que se conhecem os casos de covarde e sovaco, que exibem um [v] precedido de [u].
O que aconteceu a subir talvez se enquadre antes nas muitas exceções à regra antes apontada, a de b latino passar a v2. Mas, havendo tantas exceções, parece que ainda estará por compreender a evolução em português (e já agora em galego ou até em castelhano) do -b- intervocálico latino.
1 Cf. Leite de Vasconcelos, Lições de Filologia Portuguesa, 1926: «[...] a labial [latina] -B- torna-se geralmente v (faba- > fava) [...]». Este fenómeno terá sido comum a grande parte dos dialetos galego-portugueses na Idade Média. Mais tarde, na Galiza, acabou por consagrar-se o segmento [b] pela neutralização do contraste entre /b/ e /v/ (ou /β/), resultado que, a partir do século XIX, se refletiu na escrita do galego, pelo menos, conforme a ortografia da Real Academia Galega: amaba, faba, cabalo, haber, gobernar.
2 Cf. José Joaquim Nunes, no seu Compêndio de Gramática Histórica Portuguesa (9.ª edição, p. 101).