Trata-se de uma dissimilação, ou seja, n passa a l, perdendo a nasalidade e tornando-se um som lateral, de modo a distinguir-se melhor de m, visto que n e m são nasais.
Note-se, porém, que não é certo que do latim anima surja "anma", por síncope de i, antes de passar a alma. Com efeito, parece plausível que entre anima e alma tenha surgido a forma intermédia "álima", forma do latim vulgar da antiga Hispânia, comum, pelo menos, às regiões centrais e ocidentais da península. Aceitando a referida forma intermédia, aceita-se, portanto, que se verificou uma dissimilação antes da supressão (síncope) de i, daqui resultando alma. Que a forma "álima" deva ser considerada como etapa intermédia encontra apoio no facto de em castelhano, na descrição histórica dialetológica se registar álima como variante de ánima, forma culta paralela a alma.2
Por outro lado, em português, encontra-se a forma alimária, do latim animalia, a qual exibe o resultado da passagem de -n- a -l- com conservação do -i- medial, como, aliás, se assianala no Dicionário Houaiss: «lat. animalĭa, ium "animais, conjunto de animais", através do antigo alimalia, por dissimilação das nasais -n-...-m- em -l-...-m-, e daí alimária, por dissimilação do primeiro -l- ...-l- em -l-...r- [...].»
1 Apesar de não ser impossível a passagem de n, que é consoante dental nasal à correspondente consoante dental oral d, acontece que as sílabas terminadas em -d (supondo "adma", forma não atestada) parecem raras ou nulas na passagem do latim ao português.
2 Cf. Joan Coromines e José Antonio Pascual, Diccionario Crítico Etimológico Castellhano e Hispánico (versão em CD-Rom, 2012), s. v. alma