É uma variante de paguel ou paguer, «antiga embarcação da Índia» (cf. Infopédia e Dicionário Priberam, bem como o Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa, de José Pedro Machado1). As formas registadas nos vocabulários ortográficos são paguel e paguer2.
No Glossário Luso-Asiático (1919), de Sebastião Dalgado (1855-1922), pode ler-se o seguinte artigo, que carece certamente de alguma revisão nos dias de hoje (mantém-se a ortografia original):
«PAGUEL, pajer (ant.). Antiga embarcação de carga, na Índia meridional. Os dicionários do malaiala e os glossários não registam nenhum vocábulo correspondente; é porem muito verosímil que estivesse em voga no Malabar, ao tempo dos nossos descobrimentos, pagala, equivalente ao marata bagalā (concanim bagló), que quere dizer «uma embarcação arábica de especial feitio», e representa o árabe baqalā, usado no Mar Vermelho, conforme [Henry] Yule [orientalista escocês], para designar uma grande embarcação, construída de teca da Índia. É possível que baqalā seja corrupção do hispânico bajel, baxil ou baixel. Convêm notar que o marata tem pagār, que podia corromper-se em paguel; mas o seu significado de «canoa ou tona pequena» não se coaduna com o das abonações. A forma pajar, que figura nas Lendas [da Índia, de Gaspar Correia], se não é mera variante fonética de paguel, pode provir de bajrā, usado em marata, bengali e hindustani, para designar outra espécie de embarcação, o qual se pronunciaria pajara ou pachara na zona dravídica.»
1 José Pedro Machado regista, além de paguel e paguer, a forma pajer, com j, e não com g.
2 Cf. Rebelo Gonçalves, Vocabulário da Língua Portuguesa (1966) e Vocabulário Ortográfico Comum da Língua Portuguesa (Instituto Internacional da Língua Portuguesa).