Estamos perante uma frase na voz passiva, marcada pelo pronome apassivador se, e, como tal, o verbo deve concordar com o sujeito, que neste caso são as nuvens. Assim sendo, a frase correta seria: «O céu está limpo, pois não se veem nuvens.»
Repare-se que a frase equivale ao uso do verbo na chamada voz passiva: «não são vistas nuvens».
Acrescente-se que, se alterarmos a ordem dos elementos da frase, percebemos qual a forma verbal correta a utilizar:
1. «As nuvens não se veem»;
2. *«As nuvens não se vê.»
A frase 2 não permite o uso do verbo ver na terceira pessoa do singular.
OBS.: Ressalta-se que certas gramáticas (ver Textos Relacionados) aceitam que o verbo fique na terceira pessoa do singular se a partícula se tiver função de índice de indeterminação de sujeito, ou seja, estarmos perante um sujeito indeterminado. Trata-se de uma perspetiva que a gramática mais tradicional não aceita.