Em Portugal, geralmente só se usa o conjuntivo com embora e ainda que. Assim, as frases que escreveu deverão ser construídas do seguinte modo:

(1) Embora tenha/ tivesse escurecido, decidi ir ao jardim.
(2) Ainda que tenha/ tivesse percebido que estava sozinha, entrei na escola.

No Brasil, segundo Evanildo Bechara, também se usa conjuntivo (subjuntivo) com as «concessivas de ainda que, embora, conquanto, posto que, se bem que, por muito que, por pouco que (e semelhantes), não havendo, entretanto, completo rigor a respeito» (Moderna Gramática Portuguesa, pág. 282).