Com efeito, como afirma, de forma muito pertinente, o consulente, as frases aqui transcritas em (1) e (2) podem ser ambas interpretadas como tendo um valor hipotético1:
(1) «Ainda que tenha imenso trabalho, o João irá à praia.»
(2) «Mesmo que tenha imenso trabalho, o João irá à praia.»
Habitualmente, a locução conjuncional «mesmo que» é usada apenas com concessivas de valor hipotético ou contrafactual. Já a locução «ainda que» pode combinar-se com os diferentes valores, factual, hipotético ou contrafactual, como se observa pela diferença entra as frases (3) a (5):
(3) «Ainda que tenha tido imenso trabalho, o João foi à praia.»
(4) «Ainda que tenha imenso trabalho, o João irá à praia.»
(5) «Ainda que tivesse tido imenso trabalho, o João teria ido à praia.»
Assim, em (3), a concessiva é factual na medida em que se descreve a situação de «ter trabalho» como tendo tido efetivamente lugar. Já em (5), a situação é descrita como não tendo tido lugar. Em (4), o valor da oração é ambíguo, pois o locutor pode pretender afirmar que efetivamente se verificou o facto de ter existido imenso trabalho, mas, por outro lado, poderia apenas estar a colocar a hipótese de ter existido imenso trabalho. Apenas o contexto poderá esclarecer o valor que se pretende veicular.
Isto significa que a locução «ainda que» pode ser associada a orações que tenham qualquer um dos três valores apontados. Já a conjunção embora usa-se comummente com os valores factual e hipotético.
Disponha sempre!
1. Este foi um aspeto que não se aprofundou na resposta à questão mencionada na pergunta, atendendo a que se tratava de uma resposta a uma estudante de português língua não materna.