A palavra pronuncia-se sem u audível – pronuncia-se /bɐgĩ/ – e tem duas sílabas: ba.guim.
Note-se que, mesmo que o u tivesse realização fonética – que não tem1 –, a palavra continuaria ter duas sílabas, tal como sucede com pinguim, porque a sequência gu forma uma unidade cujo u se associa à vogal seguinte num ditongo crescente.
Acrescente-se que, do ponto de vista etimológico Baguim (o topónimo completo é Baguim do Monte, no concelho de Gondomar), terá origem na expressão latina medieval «(villa) Baquini»1. Assinale-se, porém, que a forma medieval pode já ser o resultado da alteração fonética de um antropónimo mais antigo, Baculinus, derivado do também antropónimo Baculus, talvez de origem céltica3. Na Galiza, na província de Pontevedra, encontra-se o topónimo Bagüín (concelho de Marín), que parece ter a mesma proveniência.
1 É um nome bem conhecido na região do Porto, e pode confirmar-se que o topónimo se articula sem u. Há uma estação de metro com este nome, que serve a localidade em apreço.
2 Cf. José Pedro Machado, Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, s.v. Baguim.
3 Cf. Joseph-Maria Piel,"Nomes de possessores latino-cristãos na toponímia asturo-galego-portuguesa", Biblos, Coimbra, Coimbra Editora, 1947, p. 193.