Nas fontes consultadas1, não se encontra informação conclusiva sobre a origem factual da expressão.
Embora a informação recolhida na Internet seja pouco fiável, mencione-se a indicação facultada pelo Dicionário Informal e pelo Wikcionário, que confirmam a relação da expressão com o nordeste do Brasil e o seu uso no sentido de «lugar muito distante, para onde não se deseja ir», sobretudo, como imprecação, para afastar alguém cuja presença é importuna.
O mais que aqui se pode sugerir é ter a expressão origem nalgum topónimo não identificável, relativo a lugar objetiva ou subjetivamente muito afastado.
1 Foram consultados o Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa, o Dicionário Michaelis e o dicionário de Caldas Aulete.
N. E. (21/02/2021) – Regista-se a variante «para a baixa da égua», com artigo definido antes de baixa (cf. Dicionário Informal). Como termo descritivo de configuração topográfica, baixa pode significar, segundo o Dicionário Houaiss, «depressão de terreno; baixos», «o fundo de um vale; lugar baixo», «parte do campo que fica submersa pelas chuvas de inverno» (regionalismo do Pará) e «parte menos funda de mar ou de rio» (arcaísmo). Há casos do uso toponímico (toponimização) deste termo em Portugal, quer no continente (Baixa da Banheira, Barreiro, Setúbal), quer nas ilhas – cf. visualizador do CIGeoE-SIG. Baixa é também o nome que se dá ao centro administrativo e comercial de várias cidades portuguesas – por exemplo, a grande parte do centro de Lisboa («vamos à Baixa», «vivo na Baixa pombalina»).
