As duas formas estão corretas.
O verbo desculpar admite a construção com complemento direto, como em (1) ou (2):
(1) «Desculpe o atraso.»
(2) «Desculpe o atraso do meu trabalho.»
Desculpar admite também a construção com complemento oblíquo, como em (3) ou (4):
(3) «Desculpe pelo atraso.»
(4) «Desculpe pelo atraso do meu trabalho.»
O verbo desculpar tem uma particularidade: pode ser construído com um complemento direto com natureza humana:
(5) «Desculpe o João pelo atraso.»
Todavia, se se preferir uma construção que envolva um complemento direto e um indireto, o constituinte com natureza humana terá de desempenhar a função de complemento indireto (6), não sendo aceitável que ele funcione com complemento direto1:
(6) «Desculpe o atraso ao João.»
(7) «*Desculpe o João ao atraso.»
Disponha sempre!
*assinala a inaceitabilidade da frase.
1. Para mais informação, leia-se esta resposta de Edite Prada.
