A sequência «ouvindo o sussurro do vento entre as árvores» não está incorreta. Pelo contrário, é tão correta como «ouvindo o sussurro do vento por entre as árvores».
Há no entanto, dois aspetos semânticos a considerar na ocorrência da preposição entre e na combinação de preposições por entre1 no contexto em apreço:
1. Subentendendo o verbo passar ou outro verbo de movimento (correr, deslocar-se), aceitam-se «ouvindo o sussurro do vento passar entre as árvores» e «ouvindo o sussurro do vento passar por entre as árvores». Há, claro, uma diferença de significado, sendo a segunda versão da frase mais dinâmica, a sublinhar a travessia (a do conjunto de árvores).
2. A expressão «ouvindo o sussurro do vento por entre as árvores» pode ter um grau de ambiguidade menor por comparação com «ouvindo o sussurro do vento entre as árvores». Com efeito, com a preposição simples, pode dar-se à oração dupla interpretação: «o vento passa entre as árvores» e «quem ouve está entre as árvores». Na versão com a sequência prepositiva por entre1, reduz-se a ambiguidade, porque o conhecimento da realidade extralinguística permite aceitar que o quadro dinâmico em referência é resultado do vento e não do sujeito que ouve.
1 O Dicionário da Academia das Ciências de Lisboa (2002) classifica por entre como locução prepositiva. Contudo, na Gramática do Português (Fundação Calouste Gulbenkian, 2013-2020, pp. 1505), só até a constitui uma locução prepositiva formada por duas preposições. Casos como por entre («A prancha de surf desapareceu por entre as ondas», de entre (O avião apareceu de entre as nuvens», para com («Ele foi generoso para com o Luís») e para depois («O jogo está previsto para depois das 5 horas») correspondem a duas orações contíguas que não formam um locução prepositiva, tratando-se de sequências «em que uma preposição toma como complemento outro sintagma preposicional independente» (ibidem). Assinale-se que a associação de preposições de entre pode contrair-se como dentre (cf. Infopédia).
