O caso em questão pode ser analisado tendo em conta apenas a forma medieval almário. Em exercícios de certos manuais escolares, parte-se do princípio de que almário é a forma originária (étimo) de armário, mas a história da palavra é mais complicada.

Segundo a nota etimológica do Dicionário Houaiss:

«[Armário vem] do latim armarĭum, ĭi "móvel para guardar roupa, louça, dinheiro etc." [...]; variante almário; formas históricas séc. XIV almaryo, séc. XV almario, 1556 armario.»

O que se percebe desta nota é que do latim ao português medieval ocorreu um fenómeno de dissimilação, isto é, na palavra latina o segmento r repetia-se e na passagem ao português o primeio r converteu-se em l, diferenciando-se do segundo: armarĭum > almário. 

Posteriormente, podia pensar-se que, em português, almário deu armário, o que poderia sugerir uma assimilação¹. Contudo, como assinala José Pedro Machado, no seu Dicionário Etimológico da Lingua Portuguesa, a forma com r na primeira sílaba é «reconstituição culta» no português, ou seja, a palavra foi alterada intencionalmente de modo a restituir-lhe um segmento existente no étimo latino. Trata-se, portanto, de uma reversão, e não de um processo de assimilação que tenha levado o l da primeira sílaba a converter-se no mesmo r que termina a palavra (armário).

¹ Também não se trata de rotacismo, ou seja, da alteração de uma consoante, passando a r, porque este fenómeno não está condicionado pelo contexto fonológico da palavra, ao contrário da assimilação e da dissimilação. Um exemplo de rotacismo é o de nobre, que vem do latim nobilis, pela forma intermédia medieval noble, assim ilustrando a passagem de l a r, sem motivação distintiva na estrutura interna da palavra (cf. nobre no Dicionário Houaiss e no dicionário da Academia das Ciências de Lisboa).