No caso em análise, identificamos a seguinte estrutura: o nome capacidade é acompanhado de uma oração subordinada adjetiva relativa. Verificamos que, nesta fase, o sujeito da oração relativa (bactérias) é diferente do sujeito da oração subordinante (antibióticos). Ora, nestes casos, quando o sujeito é diferente e está expresso, a concordância do infinitivo deve fazer-se com o seu sujeito, como acontece em (1):

(1) «Ele deu às crianças ordem para brincarem.»

Contudo, esta indicação é discutida por diversos gramáticos, pelo que não poderemos falar de uma regra, mas antes de uma tendência. Deste modo, a frase (2) também será aceitável:

(2) «Ele deu às crianças ordem para brincar.»

Por esta razão, será aceitável a construção com ou sem infinitivo flexionado:

(3) «Os antibióticos perderam eficácia devido à capacidade que as bactérias têm de lhes resistir(em).»

Disponha sempre!