Note-se que a resposta dada aqui não foi apresentada como um caso normativo inequívoco, pois, como refere o consulente, os usos associados ao infinitivo nem sempre são claros ou únicos. A formulação da resposta poderá, eventualmente, não ter sido suficientemente clara.
Por vezes, o recurso ao infinitivo flexionado permite desfazer qualquer ambiguidade que a frase possa conter ou simplesmente enfatizar o sujeito da frase / oração.
Como a frase apresentada pela consulente envolve um conjunto de relações sintáticas mais complexas, o infinitivo pode contribuir para esclarecer a rede sintático-semântica.
Assim, devemos considerar o sujeito da oração subordinante (antibióticos), o nome capacidade, o pronome relativo que (que retoma capacidade) e o nome bactérias. Dentro da oração relativa, bactérias é o sujeito o verbo ter, mas é o nome capacidade que rege a oração subordinada infinitiva, como se observa na oração reconstruída:
(1) «As bactérias têm a capacidade de resistir(em) aos antibióticos.»
Como se afirmou, neste contexto, é legítimo recorrer ao infinitivo não flexionado (dito impessoal), mas também é possível recorrer ao infinitivo flexionado, que permitirá ajudar ao processamento da informação da frase, apontando como sujeito do verbo no infinito o nome bactérias e não, por absurdo, o complemento do verbo ter (neste caso, capacidade).
Disponha sempre!