Os dicionários1 registam geralmente a forma jubarte como palavra simples e nome do género feminino que denota o Megaptera novaeangliae, um «cetáceo cosmopolita que produz complexas e extensas vocalizações, da família dos Balenopterídeos, atinge cerca de 16 metros de comprimento e apresenta o dorso negro, grandes barbatanas peitorais de cor branca, cabeça e mandíbula recobertas por pequenas protuberâncias irregulares e saliências na parte anterior da barbatana dorsal, alimentando-se de pequenos peixes e crustáceos» (Infopédia). Este animal é também chamado baleia-cantora, baleia-corcunda, baleia-corcova, baleia -de-corcova, baleia-de-bossas e baleia-preta.
Assinale-se, porém, que no Dicionário UNESP do Português Contemporâneo (2003) apesar de se consignar jubarte como entrada, se observa que o nome ocorre frequentemente associado a baleia, com a seguinte abonação: «As baleias jubarte procriam em Abrolhos.» Este registo sugere, portanto, que se escreve «baleia jubarte» sem hífen, comportando-se o todo como um composto formado por nome + nome, em que o segundo elemento, jubarte, marca um hipónimo (isto é, um termo com um campo referencial mais específico) e funciona, portanto, como adjetivo invariável em número («baleia jubarte»/«baleias jubarte»). Mas, se esta associação lexical se encontra bem enraizada no uso, não se afigura descabido propor a sua hifenização, à semelhança do que sucede com palavras complexas compostas que denominam espécies animais ou botânicas (cf. n.º 3 da Base XV do Acordo Ortográfico de 1990).
Em suma, embora não dicionarizada, pode aceitar-se, a par de jubarte, a grafia baleia-jubarte, com hífen. A forma baleias-jubarte será o plural recomendável.
1 Foram consultados o Dicionário Houaiss, o dicionário da Infopédia, o Dicionário Priberam da Língua Portuguesa, o dicionário Michaelis, o dicionário de Caldas Aulete e o Dicionário UNESP do Português Contemporâneo.