A vírgula em questão está bem colocada, sendo mesmo obrigatória.

Comecemos por analisar a frase em questão:

(1) «[…] [a própria esterilização [por ação direta do fogo]_{complemento do nome} [, isto é, em termos técnicos, a flambagem [(prática que não estamos muito habituados a ver, hoje, no meio laboratorial, mas que era importante nos primórdios da medicina)]_{modificador do nome apositivo},]_{modificador do nome apositivo}]_sujeito implica também […].»

Como se pode observar, o sujeito tem, no seu interior, um conjunto de constituintes encaixados, que operam num nível interno ao do sintagma nominal. Assim, o nome nuclear do sintagma nominal é esterilização. É sobre ele que incidem os diversos constituintes:

(i) «por ação direta do fogo»: funciona como complemento do nome, sendo pedido por ele para complementar o seu sentido;

(ii) «isto é, em termos técnicos, a flambagem (prática que não estamos muito habituados a ver, hoje, no meio laboratorial, mas que era importante nos primórdios da medicina)»: este constituinte modifica o nome esterilização, constituindo um aposto explicativo, introduzido pelo conector de reformulação «isto é»;

(iii) «(prática que não estamos muito habituados a ver, hoje, no meio laboratorial, mas que era importante nos primórdios da medicina)»: no interior do constituinte anterior identificamos um novo modificador apositivo, que surge sob a forma de comentário parentético.

Note-se que o constituinte assinalado em (ii) deve estar separado do nome sobre o qual incide por vírgula, devendo este mesmo constituinte ficar isolado por vírgulas, as quais assinalam o seu estatuto de inciso.

Assim sendo, deve existir vírgula depois dos parênteses, como assinalado em (1), uma vez que este sinal de pontuação demarca o constituinte com função de modificador do nome apositivo.

Disponha sempre!