Não temos conhecimento de que enxertar seja variante de encertar, forma esta que é, sim, variante de encetar, na aceção de «beber, comer ou usar uma primeira parte de (algo)».

Note que em galego também existe o verbo encetar, «começar a cortar ou a gastar de alguma coisa que está inteira», que se distingue, como em português, de enxertar («implantar, inserir») – cf. dicionário da Real Academia Galega. É possível, no entanto, que certos falantes em Portugal pronunciem encertar (com r) com um c que soa próximo do x de enxertar, por exemplo, como acontece em certas regiões das Beiras, onde as sibilantes s de passo e z de cozer podem ser articuladas de tal forma que se confundem com o x de baixo ou o j de veja.