No segmento frásico em questão, as orações em questão são ambas subordinadas: uma oração comparativa, que opera ao nível da frase, e uma oração temporal encaixada (de acordo com a tipologia prevista no Dicionário Terminológico), que funciona ao nível da oração.
Antes de mais, vejamos que a oração «quando repetia a história de José do Egito» opera num plano hierárquico inferior ao da oração comparativa, desempenhando a função de modificador. Trata-se de uma oração subordinada adverbial temporal que é sintaticamente equivalente a uma construção como «durante toda a infância»:
(1) «E o menino contava esta maravilha com a sua inocência costumada, como (fizera) durante toda a infância.»
Já a oração introduzida por como é, de acordo com o quadro previsto no Dicionário Terminológico, classificada como uma oração subordinada comparativa, que, neste caso, é elítica, pois omite o verbo. A oração completa poderia ser a que se apresenta em (2):
(2) «E o menino contava esta maravilha com a sua inocência costumada, como fazia quando repetia a história de José do Egito, que ouvira ler a um vizinho.»
A oração comparativa tem, portanto, encaixada no seu interior uma oração temporal, que, por seu, turno, tem encaixada no seu interior uma oração subordinada adjetiva relativa («que ouvira ler a um vizinho»).
Refira-se ainda que existem outras propostas diferentes das que se consideram no quadro do ensino não universitário em Portugal, que permitem uma outra classificação da oração introduzida por como. Neste âmbito, a oração em questão pode ser classificada como uma oração subordinada de modo, pois expressa um valor semântico equivalente a «o modo como / a maneira como»1. Estas orações distinguem-se das comparativas prototípicas porque admitem clivagem (3) e podem ocorrer como resposta a uma interrogativa (4):
(3) «Foi como fazia quando repetia a história de José do Egito que ele contou esta maravilha.»
(4) «Como é que o menino contava esta maravilha?»
«(Exatamente) como fazia quando repetia a história de José do Egito.»
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1. Para mais informações, cf. Móia, T. (2001). Aspectos Sintáctico-Semânticos das Orações Relativas com 'quando' e 'como'. In Actas do XVI Encontro Nacional da Associação Portuguesa de Linguística (Coimbra, 28-30 de Setembro de 2000) (pp. 349-361). Lisboa: Associação Portuguesa de Linguística.