Ambas as frases podem ser aceites em português, contudo a interpretação da primeira frase, «Os funcionários foram simpáticos, como não podiam deixar de ser», é diferente da segunda, «Os funcionários foram simpáticos, como não podia deixar de ser».
Em «Os funcionários foram simpáticos, como não podiam deixar de ser», o verbo poder concorda em número com o sujeito da primeira oração, o sintagma nominal (SN) «os funcionários», o que indica que, neste caso, o sujeito da primeira oração é o mesmo da segunda. Por conseguinte, entende-se que a informação veiculada por esta frase destaca os funcionários, sempre afáveis ou prontos a satisfazerem a obrigação de o serem.
Já em «Os funcionários foram simpáticos, como não podia deixar de ser», o verbo poder encontra-se flexionado na terceira pessoa do singular e não concorda em número com o sujeito da primeira oração. Isto indica que, nesta situação, o sujeito da segunda oração não é o mesmo da primeira, ou seja, enquanto na primeira oração o sujeito é o SN «os funcionários», por desencadear concordância em pessoa e número com o verbo ser, na segundo oração o sujeito é toda a primeira oração, «os funcionários foram simpáticos», o que desencadeia concordância verbal na terceira pessoa do singular. Sobre isto, Eduardo Paiva Raposo assinala na Gramática do Português que «nas orações, de facto, não existe um núcleo nominal ou pronominal que possa ser fonte de um traço de número para a concordância. Logo, o verbo assume automaticamente a flexão morfológica singular, quer o sujeito oracional seja simples, quer seja composto» (pág. 24481). Por isso, o sentido desta frase salienta globalmente o facto de ser comum os empregados serem simpáticos.
1. Raposo, E. P. (2021), Concordância Verbal. In Raposo et al. (2020). Gramática do Português. Lisboa: Fundação Calouste Gulbenkian, pp. 2425-2495.