As frases a) e c) estão corretas, enquanto a frase b) parece menos ajustada ao valor aspetual que se pretenderá expressar.  

A questão colocada relaciona-se, desta forma, com a expressão da aspetualidade na frase.

A seleção de tempos do passado para descrever a situação aponta para a sua localização num eixo temporal anterior ao momento da enunciação. No entanto, a opção pelo pretérito perfeito ou pelo pretérito imperfeito implica valores aspetuais distintos. Assim, e considerando as frases apresentadas, a opção pelo imperfeito do indicativo na oração subordinada adverbial temporal apresenta a situação na sua progressão, ou seja, indica que a «ação de dar os primeiros passos» está a decorrer:

(1) «Quando a Alliance dava os primeiros passos, o primeiro desafio enfrentado foi a criação de alguns grupos de trabalho para estabelecer o padrão e trabalhar nos detalhes técnicos do protocolo.»

Nesta frase, a ação de «dar os primeiros passos» é perspetivada como estando a desenrolar-se quando teve lugar a criação de alguns grupos de trabalho. Esta última situação é descrita como estando concluída, ao passo que não se expressa a conclusão da situação descrita na oração subordinada.

Na frase (2), todas as situações são localizadas no passado e são descritas como estando concluídas:

(2) «Quando a Alliance deu os primeiros passos, o primeiro desafio enfrentado foi a criação de alguns grupos de trabalho para estabelecer o padrão e trabalhar nos detalhes técnicos do protocolo.»

A meu ver, esta opção será menos adequada porque a situação «dar os primeiros passos» compreende um conjunto de ações desenvolvidas pela entidade, entre as quais se encontra a «criação de grupos de trabalho». Por esta razão, será mais ajustado perspetivar a situação que introduz o intervalo temporal em que se insere a ação da oração subordinante como uma durativa, sendo vista na fase de progressão, o que será expresso pelo recurso ao imperfeito do indicativo. Este tempo sobrepõe-se parcialmente ao pretérito perfeito, mas vai além dele (antes e depois).

Finalmente, a opção pela introdução na oração subordinada do operador aspetual «estar a» tem como função perspetivar a fase intermédia da situação, descrevendo-a no seu decurso:

(3) «Quando a Alliance estava a dar os primeiros passos, o primeiro desafio enfrentado foi a criação de alguns grupos de trabalho para estabelecer o padrão e trabalhar nos detalhes técnicos do protocolo.»

Isto significa que, em termos aspetuais, a frase (3) expressa um valor similar ao da frase (1).

(ver também esta resposta). 

Em nome do Ciberdúvidas, agradeço as gentis e estimulantes palavras que dirige a todos os envolvidos neste projeto.

Disponha sempre!