O texto apresentado resulta aparentemente de uma transcrição de uma entrevista oral. Sendo a oralidade caracterizada por hesitações e reformulações que se ficam a dever à formulação instantânea do texto, esta é mais passível de apresentar incorreções.

A frase apresentada pode ser aperfeiçoada na escrita através da introdução de uma preposição antes do pronome relativo que:

(1) «Nós nos empenhamos para construir uma cultura, uma sociedade em que […]»

Para respondermos às questões colocada, comecemos por dividir a frase nas orações que a compõem:

(2) «[Nós nos empenhamos para construir uma cultura, uma sociedade]_{oração subordinante} [ [em] que [quando estejamos* liberados]_{oração sub.adv.temporal}, sejamos soberanos de nós próprios, [tenhamos uma literatura]_{oração coordenada copulativa}; [e tenhamos uma Academia como a nossa, de Machado de Assis]_{oração coordenada copulativa}]oração subordinada adjetiva relativa»

A questão apresentada no ponto 1) está relacionada com o uso da conjunção quando, que introduz uma oração subordinada adverbial temporal, localizando a situação expressa no interior da oração subordinada relativamente à expressa na oração subordinante (como anterior, simultânea ou posterior). No caso de se pretender marcar uma situação futura relativamente ao tempo da enunciação, o futuro do conjuntivo é geralmente o tempo/modo escolhido. Assim sendo, o verbo da oração subordinada temporal na frase em análise deverá estar flexionado no futuro do conjuntivo:

(2a) «[…] quando estivermos liberados […]»

No que respeita à oração subordinada adjetiva relativa, é possível optar, tal como se faz, pelo  presente do conjuntivo, que sinaliza que se apresenta uma situação marcada pelo caráter hipotético. Deste modo os tempos verbais selecionados estão corretos (sejamos, tenhamos).

Relativamente à pontuação, aspeto abordado na questão 3), a oração subordinada adverbial temporal deve surgir entre vírgulas para demarcar o facto de constituir um inciso no interior da oração subordinada relativa e não se justifica que a terceira oração coordenada seja antecedida de ponto e vírgula, uma vez que se procede a uma enumeração de situações a terem lugar, que termina com a conjunção coordenativa e.

Desta forma, a frase apresentada pode sofrer as seguintes alterações:

(3) «Nós nos empenhamos para construir uma cultura, uma sociedade em que, quando estivermos liberados, sejamos soberanos de nós próprios, tenhamos uma literatura [;] e tenhamos uma Academia como a nossa, de Machado de Assis.»

Por fim, quanto à segunda questão, as conjunções se e quando podem ser usadas com tempos do indicativo e do conjuntivo. A opção depende das intenções do falante e da correlação entre tempos verbais (ver textos relacionados).

Disponha sempre!