O uso do conjuntivo depende não só da construção sintáctica em que ocorre, mas também da intenção do locutor.

Ou seja, os aspectos pragmáticos podem interferir, e muito, na escolha do modo verbal. Por essa razão, não me parece rigoroso afirmar que o conjuntivo é sempre aceitável no interior de uma construção como esta que apresenta: «só conhecia X coisas que...».

No seu segundo exemplo, o modo indicativo parece-me claramente preferível ao conjuntivo:

(1) a. «Eu só conhecia três rapazes do nosso bairro cujas famílias não tinham um pai.»

b. ?? «Eu só conhecia três rapazes do nosso bairro cujas famílias não tivessem um pai.»

No que respeita ao seu primeiro exemplo, ambos os modos verbais — indicativo e conjuntivo — parecem-me legítimos, dando origem, é claro, a significados distintos:

(2) a. «Ela só conhecia duas pessoas do colégio que gostassem dessa banda.»

b. «Ela só conhecia duas pessoas do colégio que gostavam dessa banda.»

Na frase (2a) existe uma pressuposição hipotética, ao passo que à frase (2b) está associada uma pressuposição factual (existia de facto um grupo de pessoas que gostavam daquela banda).

Disponha sempre!