É difícil dizer qual dos dois estudiosos está certo – e talvez a pergunta até tenha de se formular de outra maneira.
Com efeito, o indício de mui e muito já se pronunciarem com nasalidade não é incompatível com a sua pronúncia oral, nem com a rima que possam estabelecer com os arcaísmos fruito e enxuito. Aliás, o que J. J. Nunes diz é que, pela leitura dessas ocorrências, se pode supor já haver nasalização, o mesmo é dizer que a pronúncia tinha passado definitvamente a ser nasal.
Na verdade, o que se deve ter passado corresponde a uma situação de variação linguística, em que as formas orais e as formas nasalizadas existiam em simultâneo no uso. De resto, nos dialetos setentrionais portugueses subsistem formas com ditongo oral, tal como acontece em galego. Além disso, não é seguro que a leitura que J. Joaquim Nunes faz das cantigas do Cancioneiro da Ajuda (ver também aqui) seja seguramente a de um sinal de nasalidade. Hoje sabemos que, na escrita medieval há vários diacríticos que podem não ser exatamente os dos dias de hoje.
Em suma, a nasalidade de mui e muito pode existir desde o período galego-português. Além disso, não é impossível que coexistisse com a pronúncia oral até bastante tarde, até aos séculos XVII ou XVIII.