Como se referiu em anterior esclarecimento no Ciberdúvidas, as siglas não dispõem de normas regulamentadas nas gramáticas, nem constam da nenhuma das normas ortográficas a lingua portuguesa (de 1911, de 1945 e de 1990). Nem sequer constam no Vocabulário Ortográfico Comum da Língua Portuguesa.
O que a prática consagrou e recomendam todos os prontuários e livros de estilo* é que se grafam sem pontos – ao contrário das abreviaturas. Um uso aplicável, também, quando, em vez da sua designação por extenso, e por opção de clareza, se escreve só uma parte da sigla, como são os casos em apreço, correspondentes ao Sport Lisboa e Benfica, Sporting Clube de Portugal e Futebol Clube do Porto.
Portanto: SL Benfica (ou SLB), Sporting CP (ou SCP) e FC Porto (ou FCP).
*Cf. Siglas + A Folha + Manual de Comunicação da Secom + Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada + MiniGramática + FLiP + O uso das siglas no texto