Do ponto de vista normativo, é aconselhável a utilização de apreendidas, embora alguns falantes aceitem a forma masculina do particípio, apreendidos.
A questão colocada está relacionada com a concordância sujeito-verbo quando o sintagma nominal com função de sujeito tem como núcleo uma expressão de quantificação.
No caso em apreço (e em casos similares), a norma dita que a concordância gramatical deve ser feita com o núcleo do sintagma nominal, neste caso o nome toneladas:
(1) «Cinco toneladas de alimentos vencidos e adulterados são apreendidas em Santa Felicidade»
Este processo determina que se o núcleo do sintagma estivesse no masculino singular a frase teria a seguinte forma:
(2) «Uma tonelada de alimentos vencidos e adulterados é apreendida em Santa Felicidade»
Não obstante, em algumas situações admite-se a concordância semântica, designada silepse ou concordância ad sensum, na qual o verbo concorda não com o núcleo toneladas, mas com alimentos, o que ditará a forma masculina plural do particípio:
(2) «Cinco toneladas de alimentos vencidos e adulterados são apreendidos em Santa Felicidade»
Em termos semânticos, a frase (1) coloca o enfoque na quantidade (toneladas) e a frase (2) no nome quantificado (alimentos).