Nas frases apresentadas, os valores do pretérito perfeito composto e do pretérito mais-que-perfeito composto do conjuntivo são equivalentes.

Os exemplos apresentados em (1), (2) e (3) configuram usos do conjuntivo em orações subordinadas adverbiais concessivas. Assim, para compreender a opção por determinados tempos verbais, teremos também de considerar outros elementos da frase. Antes de mais, a conjunção embora é usada no contexto das orações concessivas factuais, ou seja, as orações concessivas que apresentam a situação como sendo real. Neste âmbito, considerando que se descreve uma situação real, existem duas possibilidades de localização temporal da situação descrita na subordinada: (i) sobreposta ao momento de enunciação ou (ii) anterior ao momento de enunciação.

Em (1), a situação «estar doente» sobrepõe-se ao momento de enunciação e vai além dele devido ao recurso ao presente do conjuntivo da oração subordinada conjugado com o presente do indicativo da subordinante:

(1) «Embora esteja doente, vai à escola.»

Em (2), «estar doente» é, através do recurso ao pretérito perfeito composto, perspetivado como uma situação perfetiva, ou seja, concluída no passado (o que significa que ele já não está doente). Para além disso, trata-se de uma situação anterior à que se apresenta na subordinante:

(2) «Embora tenha estado doente, ele vai / foi à escola.»

Neste contexto específico, o recurso ao pretérito mais-que-perfeito composto do conjuntivo não trará diferença substancial relativamente à situação descrita em (2):

(3) «Embora tivesse estado doente, ele vai / foi trabalhar.»

Em (3), descreve-se a situação como concluída e como sendo anterior à que se apresenta na subordinante. Esta última frase poderá descrever a situação de «estar doente» como sendo localizada num intervalo temporal anterior ao da frase (2). No entanto, apenas o contexto poderá esclarecer esta ligeira nuance. Por esta razão, em (2) e (3), estamos perante duas frases que são equivalentes.

O mesmo se verifica nas frases (1) a (3) apresentadas pelo consulente.

No caso da frase (4), estamos perante o uso do conjuntivo numa oração subordinada completiva. Este contexto pode exigir usos específicos dos tempos do conjuntivo, combinados com tempos verbais da subordinante, tal como se explica nesta resposta.

Não obstante, no caso particular aqui transcrito em (4), verifica-se também uma situação de equivalência de valores, similar à que se descreveu atrás. Por essa razão, é possível optar por qualquer dos tempos verbais aqui em análise:

(4) «A Maria duvida / acredita que o Rio a tenha amado / tivesse amado.»

A oração subordinada tem um valor dúbio entre a localização da situação descrita como «ter amado» no passo e a sua apresentação como uma situação hipotética.

Disponha sempre!