A sua observação vem muito a propósito mas...
O facto de os livros dizerem que o conjuntivo «é o modo que nos apresenta os factos incertos e não reais» é muito certo, mas como doutrina geral. Há, porém, aquele caso particular, em que se emprega o conjuntivo, mesmo em casos reais, quando expressos em oração substantiva dependente duma que exprima um sentimento ou uma apreciação, que se expresse referentemente ao próprio facto em causa. Aqui vão alguns exemplos:
a) «É pena que sejas mandrião!»
b) «É-me agradável que tenhas trabalhado tanto!»
c) «Seria tão bom que o João tivesse ido para o Brasil!»
Aqui temos orações subordinadas integrantes (ou substantivas), cujo verbo está no conjuntivo quer se trate de factos reais, como em a) e b), quer irreais, como em c).