Plaquetário, «pertencente ou relativo a plaquetas», é a forma que ocorre frequentemente e já está dicionarizada. Por exemplo, no dicionário da Porto Editora, no vocabulário ortográfico da mesma; e, ainda, no seu Dicionário de Termos Médicos, o qual não dando entrada específica ao termo, o inclui noutras entradas: «agregação plaquetária», «aglutinina plaquetária», «fator de ativação plaquetária». O adjetivo, bem formado, inclui o sufixo -ário, que ocorre noutros termos usados em medicina e nas ciências em geral: embrionário, mamário, pituitário.
Nota-se que, em certos artigos especializados, também ocorre plaquetar, sem contraste semântico assinalável, pelo que se trata de um sinónimo de plaquetário. É uma forma correta, que segue o mesmo tipo de sufixação de casos como o de globular (de glóbulo) ou muscular (de músculo).
Em suma, os dois adjetivos têm legitimidade, são sinónimos e, não havendo diferença semântica assinalável, concorrem um com o outro. No entanto, dado que o uso de plaquetário é predominante em artigos académicos e já chamou a atenção de pelo menos de alguns dicionaristas (os da Porto Editora), justifica-se a recomendação desta forma.