O advérbio relativo de lugar onde pode ser, efetivamente, substituído pela construção em que sem alterar o significado da frase onde ocorre. Assim, «conheço uma clínica onde fazem essa cirurgia» é sinónimo de «conheço uma clínica em que fazem essa cirurgia». Há ainda outra construção possível, também ela sinónima, com a preposição em e o pronome relativo qual: «conheço uma clínica na qual fazem essa cirurgia». 

Contudo, importa referir que, nem sempre isto acontece. Isto é, o termo onde emprega-se quando nos referimos a lugares e, neste caso, pode ser substituído por em que e no/na qual (cf. exemplos acima); mas, quando em que e no/na qual não se referem a lugares, então não se pode utilizar onde: «o processo em que tal foi referido, foi arquivado». No exemplo, não podemos assumir que processo seja um lugar, logo, não é correto optarmos pelo advérbio onde.