Tal como se encontra escrito, lido como se fosse palavra portuguesa, o nome soa "santuriní", sendo tónica a última sílaba.

Mas, apesar de o nome ter ganho certa popularidade como destino turístico, pelo menos entre operadores turísticos, costuma-se manter a acentuação original e pronunciar-se "santuríni" ou "santòríni". É esta a pronúncia mais difundida, que se tornou padrão.

Nada disto obriga a grafar "Santoríni" (também não o impede), porque a forma em carateres latinos que se internacionalizou – Santorini¹, que corresponde à sequência Σαντορίνη em carateres gregos – constitui uma forma toponímica estrangeira que pode ocorrer em português, na falta de disponibilidade ou uso de nome vernáculo, à semelhança de Guadalajara (Espanha), San Gimignano (Itália) ou Washington (Estados Unidos da América).

¹ Note-se que a pronúncia original grega soa aproximadamente como "sandoríni".

Cf. A história de duas línguas: o grego e o latim