Não encontrei nenhuma referência que justifique o uso de por quê, enquanto locução, embora, tal como a consulente, tenha encontrado, em linha, algumas situações em que é usado.
Creio que poderá ser, como refere, uma interferência do uso de porque e por que. No entanto, a prática mais comum em Portugal é o uso de porquê, tanto nas interrogativas dire{#c|}tas como nas indire{#c|}tas, ou, ainda, quando o vocábulo é usado como substantivo.