Pode substituir-se o lho pelo lhe nos exemplos apresentados, contudo, é necessário explicar quando é que isso ocorre.

Nas frases apresentadas os pronomes lhe e lho correspondem a objetos não mencionados. Vejam-se os exemplos abaixo por forma a explicar-se o uso destes pronomes átonos:

(1) «Não levaria a mal o atraso do João, se tivesse dado uma justificação.» = «Não lho levaria a mal, se tivesse dado uma justificação.»

(2) «Não levaria a mal o atraso do João, se tivesse dado uma justificação.» = «Não lhe levaria a mal o atraso, se tivesse dado uma justificação.»

Ora, na frase (1), temos a contração do pronome do objeto complemento lhe (que corresponde a «do João») com o pronome do complemento direto o (que corresponde a «o atraso»). Já na frase (2), substitui-se somente o complemento indireto pela forma átona lhe e mantém-se o complemento direto «o atraso». 

Contudo, como referido anteriormente, é possível termos:

(3) «Ontem o João chegou atrasado. Não lhe levaria a mal, se tivesse dado uma justificação.»  

Em (3) temos, então, a omissão do complemento direto «atraso», que não está representado pelo pronome correspondente o. Ora, esta situação, apesar de possível e comum, só o é no uso coloquial da língua (ver resposta sobre o assunto, aqui). No exemplo em (3), fica subentendido aquilo que aconteceu, que neste caso foi um atraso.