Ambas as frases são possíveis.

A questão colocada coloca o problema da concordância de um numeral com um sintagma nominal complexo composto pela expressão de quantificação «o número de», que é o elemento nuclear, seguida do nome «mortes».

Ora, neste caso, a concordância pode ocorrer com o núcleo número, o que determina a adoção do singular masculino:

(1) «O número de mortes subiu para quarenta e dois.»

Também pode ocorrer com o nome mortes, o que determina o plural feminino:

(2) «O número de mortes subiu para quarenta e duas.»

Esta segunda opção será mais comum, e talvez a preferível, porque a interpretação mais natural será a de que existe uma elisão na frase, que, na sua forma completa, corresponderia a (3), cujo uso se evita pela repetição da palavra:

(3) «O número de mortes subiu para quarenta e duas mortes.»

Disponha sempre!