Informa o Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa do Dr. José Pedro Machado que o substantivo capitão vem do genovês «capitan», e este do latim «capitanu-». Não se escreve o m final (capitanum), porque deixou de se pronunciar no latim popular. E mesmo no latim clássico se tornou muito ténue, mal se ouvia.
Se capitão tivesse derivado directamente do latim, a forma seria a mesma - capitão: «capitanu(m)» - «capita(n)u-» - «capitãu» (= capitão).
O feminino, se tivesse existido em latim, seria «capitanam», que daria em português capitã: «capitana(m)» - «capita(n)a-» - «capitãa» - capitã.
Daqui concluímos que a forma que devemos preferir para o feminino de capitão é capitã.
Ainda não estão legalizados os nomes dos postos militares no feminino. Constou-me, porém, que no «Jornal do Exército» foi publicado um artigo com as designações femininas dos postos militares.
Seria muito bom que se legalizassem os femininos dos postos militares, porque a nossa língua tende fortemente para a distinção entre masculino e feminino. Só um exemplo: no português antigo, havia apenas infante: o infante e a infante. Mas agora, temos o infante e a infanta.
Actualmente, ouvimos, entre outros, giganta, estudanta, comercianta, chefa, oficiala, parenta, presidenta, etc.
São femininos que não devemos condenar, porque estão dentro da tendência da nossa língua. Reparemos nos modernos juíza e ministra.
Eis uma óptima característica da Língua Portuguesa. Sigamo-la, e assim não nos veremos atrapalhados com os femininos, como não raro se vêem os franceses. Como vemos, neste caso e em muitos outros, a Língua Portuguesa é muito maleável. É como este povo que a fala.