Vejo que está realmente confuso. Vamos tentar esclarecer a sua dúvida. Primeiro, coberto é sempre um particípio passado, formado a partir do verbo cobrir. Um particípio pode, por sua vez, ser um adjectivo, quando precedido de um nome ou de uma forma flexionada dos verbos ser, estar e ficar:

(a)    A Joana aparece sempre com o corpo coberto de folhas. (adjectivo)
(b)    O corpo esteve/ ficou/ foi coberto de folhas. (adjectivo)

Pode também ser um verbo, se se seguir imediatamente ao verbo ter (formando tempos compostos):
 
(c)   Tenho coberto o corpo de folhas.(pretérito perfeito composto do indicativo)
(d)    Tenha coberto o corpo de folhas. (pretérito perfeito composto do conjuntivo)
(e)    Teria coberto o corpo de folhas.(condicional composto)
(f)     Tinha coberto o corpo de folhas.(pretérito mais-que perfeito composto do indicativo)
(g)    Tivesse coberto o corpo de folhas.(pretério mais-que-perfeito composto do conjuntio)
(h)    Terei coberto o corpo de folhas.(futuro perfeito do indicativo)
(i)     Tiver coberto o corpo de folhas.(futuro perfeito o conjuntivo)
(j)     Ter coberto o corpo de folhas.(infinitivo pesoal perfeito)

Quanto às construções passivas, não há dificuldade nenhuma, apresentam as seguintes características:

1.    Ocorrência de uma forma flexionada do verbo ser (qualquer uma) seguida de uma forma de particípio passado de um verbo transitivo, que tem a qualidade de adjectivo (pois, tal como dissemos acima, as formas participiais seguidas de ser são adjectivos, concordando em género e em número com o sujeito). O agente da passiva é, geralmente, seguido da preposição por, embora a preposição de também seja possível:

(a) O corpo foi coberto pelas folhas.

(b) A caixa foi coberta pelas folhas.

2.    O sujeito da frase passiva é o complemento directo nas paráfrases activas:

(a) O corpo foi coberto pelas folhas. (sujeito)

(b) As folhas cobriram o corpo. (complemento directo)

Estas são os usos do particípio passado. Julgo terem ficado claros os contextos da sua utilização. Para o ajudar, uma das formas de testar se um particípio é um verbo ou adjectivo é verificar se varia em género e número. Se for um adjectivo varia. Retomemos o seu exemplo:

«Eu tinha o corpo coberto de folhas.»
«Eu tinha as calças cobertas de folhas.»

Se for um verbo, não varia:

«Eu tinha coberto o corpo de folhas.»

«Eu tinha coberto as calças de folhas.»

Esclarecido? Esperamos que sim.

Um abraço da equipa do Ciberdúvidas.