Os prefixos em questão não têm o mesmo significado.
O prefixo des- refere separação ou acção contrária: desfazer.
O prefixo in- pode referir:
— privação ou negação: ilegal, inactivo, impermeável.
— movimento para dentro: induzir, imiscuir-se.
Por assimilação, possui como variantes in-, im-, ir- e i-: infiel, impossível, irracional e ilegal.
O prefixo in- antes de l ou m adopta a forma i por assimilação:1
in- legível > il- legível > ilegível
in- migrar> im - migrar > imigrar
O prefixo in- que refere «movimento para dentro» pode ainda possuir as variantes em- ou en- (formas vernáculas oriundas de evolução normal do prefixo latino in-): enterrar e embarcar.
1 Na assimilação, um fonema absorve as características de outro fonema que lhe está contíguo, e é comum o desaparecimento do primeiro fonema.