O verbo pugnar é atestado nos dicionários portugueses como transitivo  indireto, ou seja, ocorre com complemento preposicional. Neste caso, é precedido pelas preposições por e contra. Veja-se os exemplos:

1. «Ele pugnou pelo indiferimento»

2. «Ele pugnou contra a injustiça cometida»

Apesar deste uso como verbo transitivo indireto, que, segundo o Corpus do Português de Mike Davies, é o mais frequente, este verbo pode também ser transitivo direto, ou seja, ocorre com complemento direto. Com efeito, segundo o Dicionário Michaelis, o verbo pugnar , no sentido de tomar a defesa de alguém/alguma coisa», pode ocorrer sem preposição e com complemento direto: «Ele pugnou a escolha da sua irmã de ser atriz de teatro».

Os exemplos apresentados estão pois corretos, mas apresentam significados ligeiramente diferentes. Por um lado «pugnou pelo indeferimento» significa que alguém lutou pelo indeferimento;  por outro lado «pugnou o indeferimento» significa que defendeu o indeferimento.